もともとのリストをみてもApacheが入っていたり、偏っている感じがしたりしたのですが、ここをみると反論など関連の文書がまとまっていますね。

POSIX platform用のFilesystem Integrity checkerです。mcryptとmhashライブラリを使うんですね。TripwireのようにDBを暗号化するようです。

フリーのFirewallソフトウェアのルールをGUIで作成するツールです。「Firewall Builder currently supports iptables, ipfilter, OpenBSD PF and Cisco PIX.」のようです。

セキュリティ問題を修正した「Apache 2.0.46」リリース などを読むと、mod_davとベーシック認証モジュールに問題があるようです。IISにも大きな穴が見つかったようで、Webサーバ管理者は大変な一日だったわけですね。